Esimene Matsalu festival toimus Lihulas 2.-5. oktoobrini 2003. aastal. Üritus sai oma nime naabruses asuva Matsalu rahvuspargi järgi, mis on ühtlasi Euroopa üks suurimaid linnukaitsealasid. Festivali asutajateks olid Lihula vald, Matsalu rahvuspark ja Eestimaa looduse fond koos filmitegijatega.

Festivali avaüritusel linastusid vanimaid Eesti loodusfilmid: "Kasari jõe süvendamine" (1931) ja "Vilsandi linnukriik" (1937). Näha sai ka Rao Heidmetsa uut nukufilmi "Instinkt", mis oli päev varem Peterburi loodusfilmide festivalil "Roheline Visioon" pälvinud preemia kui parim loodusteemaline animafilm. Avaõhtu lõpetas rootsi režissööri Mikael Kristerssoni rahvusvaheliselt auhinnatud täispikk film "Tuuletallaja silm" ("Kestrel's Eye"). Esimese festivali võistlusprogrammist võttis osa 23 filmi 7 maalt (Eesti, Läti, Soome, Rootsi, Venemaa, Poola, Uus-Meremaa), võistlusprogrammi kogumaht oli 10,5 tundi. Üritusel osales enam kui 2500 inimest.

Tänaseks on festival kasvanud juba 12-päevaseks rahvusvaheliseks ürituseks, mis ulatub Lihulast välja Pärnusse, Narva, Tallinnasse, Tartusse jm. Alates 2017. aastast näitame valikut festivalifilmidest Pürksi kultuurimajas. 2018. aastal laienes festival Pärnusse. 2020. aastast näitame festivali teisel nädalal külalislinastusi üle Eesti.

Oma iga-aastasel festivalil toome vaatajani laia valiku uutest loodusfilmidest üle maailma. Programmi mahuvad linateoseid nii metsikust loodusest, inimtegevuse ja looduse koosmõjust, keskkonna jätkusuutlikkusest ja looduskaitsest, ekspeditsioonidest ja uurimisretkedest kui ka põlisrahvastest ning nende elust. Festivali kavasse mahub enam kui poolsada filmi, millest kolmandik linastub rahvusvahelises võistlusprogrammis. Filmid võistlevad kahes kategoorias: "Loodus" ning "Inimene ja loodus". Parimad valib välja filmitegijatest ja loodusetundjatest koosnev žürii.

Peale filmisõprade ja filmitegijate ootame festivalile ka loodusfotograafe ning loodusfotohuvilisi. Traditsiooniliselt on festivali osaks loodusfotonäitused ning kõigil festivalikülastajatel võimalus osaleda fotopäeva üritustel, mis pakuvad põnevaid töötubasid, harivaid ettekandeid ning uusima foto- ja videotehnika esitlusi. 

Festivali avapäev on tavakohaselt loodushariduspäev, mille raames linastuvad õpilastele eriseansid ning filmitegijad ja fotograafid tutvustavad töötubades lastele oma tööd ja töövahendeid. Toimuvad koolide ühiskülastused. Lisaks avame festivali raames mitmeid kunstinäituseid, toimuvad kontserdid, keskkonnateemalised vestlusringid jpm.

Igal sügisel Matsalus toimuval filmipeol on juba 19-aastane traditsioon. Sellega oleme uhkelt Baltikumi ja Põhjamaade üks vanimaid loodusfilmide festivale Vaasa sõsarfestivali kõrval. Meil on hea meel, et MAFFil on kindel koht Eesti kultuurisündmuste seas ning et meie ettevõtmine kogub üha enam tuntust ka Eestist väljaspool. Alates 2017. aastast on Matsalu loodusfilmide festival tunnustatud EFFE (Europe for Festivals, Festivals for Europe) kvaliteedimärgisega.